Οι τρείς μέρες, που ακολούθησαν τη νίκη των Γιαννιτσων, αφιερώθηκαν στην ανάπαυση του στρατού και, στη συνέχεια, στὴν προώθησή του στὴ δυτική όχθη τού Αξιού. Η διάβαση του Αξιού είχε οριστεί για τη νύχτα της 23ης πρός την 24η Οκτωβρίου, αλλά, επειδή υπήρχαν πληροφορίες για την κακή κατάσταση του ηθικού της τουρκικής φρουράς της Θεσσαλονίκης, αποφασίστηκε η αναβολή της επιχειρήσεως για μια μέρα, ώστε να είναι οι Τούρκοι ώριμοι για παράδοση χωρίς μάχη.
Στο μεταξύ, οι μονάδες είχαν φτάσει στη δυτική όχθη του Αξιού και επισκεύασαν τις γέφυρες, που οι Τούρκοι είχαν μερικά η ολικά καταστρέψει. Σύμφωνα με το σχέδιο, οι μονάδες θα περνούσαν με την εξής διάταξη (απο τα νότια, στα βόρεια): η 7η μεραρχία και η ταξιαρχία ιππικού απο τη Χαλάστρα, η 3η απο τη Βαλμάδα (Ανατολικόν), η 1η μεταξύ Ανατολικού και της σιδηροδρομικής γέφυρας, η 2η απο τη σιδηροδρομική γέφυρα, η 6η απο την οδική γέφυρα και η 4η απο το πέρασμα του Αξιοχωριού· όπου δεν υπήρχαν γέφυρες, κατασκευάστηκαν πρόχειρα απὸ το μηχανικό.
Η διάβαση του Αξιού απαίτησε σχεδόν δύο μέρες και το βράδυ της 25ης Οκτωβρίου είχαν διαπεραιωθεί στην ανατολική όχθη όλες οι μονάδες εκτός απο την 6η μεραρχία. Η καθυστέρηση οφειλόταν στη βραδύτητα επισκευής των κατεστραμμένων γεφυριών και στα τεχνικά προβλήματα που παρουσίαζε η ζεύξη του ποταμού με πρόχειρα έργα. Στίς 24 Οκτωβρίου το βράδυ το Γενικὸ Στρατηγείο είχε εγκατασταθεί στην έπαυλη Τοψίν. Την επομένη στις 11 το πρωί έφτασαν δύο Τούρκοι αξιωματικοί του επιτελείου του Ταξίν πασά, που μετέφεραν έγγραφο του, όπου αναγγελλόταν ότι στο Γενικό Στρατηγείο θα ερχόταν επιτροπή απο τους πρόξενους των Μεγάλων Δυνάμεων στη Θεσσαλονίκη και το στρατηγό Σεφήκ πασά για διαπραγματεύσεις.
Πραγματικά, λίγο μετά τις 2 το μεσημέρι έφτασε με αμαξοστοιχία η επιτροπή και έκανε γνωστοὺς στο διάδοχο Κωνσταντίνο τους όρους του Ταξὶν για να παραδώσει τη Θεσσαλονίκη χωρίς μάχη: ζητούσε να του επιτραπεί να αποσυρθεί με το στρατό του και τον οπλισμό του στο Καραμπουρνού, και να παραμείνει εκεί μέχρι το τέλος του πολέμου. Ο Κωνσταντίνος όμως απέρριψε τον όρο αυτό· δήλωσε ότι δεχόταν να παραιτηθεί απο μάχη μπροστά στη Θεσσαλονίκη, με την προϋπόθεση να παραδοθεί ο τουρκικός στρατός, αφοπλισμένος ώς αἰχμάλωτος πολέμου, εκτός απο τοὺς αξιωματικούς που θα διατηρούσαν τα ξίφη τους, και να μεταφερθεί με δαπάνες της ελληνικής κυβερνήσεως σε κάποιο λιμάνι της Μικράς Ασίας και ότι δίνει προθεσμία για απάντηση ώς τις 6 το πρωί της 26ης Οκτωβρίου.
Το ίδιο βράδυ έφτασαν στο Γενικό Στρατηγείο τηλεγραφήματα τών υπουργείων Εξωτερικών και Στρατιωτικών, που ανήγγειλαν την κατάληψη τών Σερρών απο τοὺς Βουλγάρους στις 24 Οκτωβρίου και εξέφρασαν φόβους για ταυτόχρονη άφιξη του ελληνικού καὶ του βουλγαρικού στρατού στη Θεσσαλονίκη.
Στίς 26 Οκτωβρίου, στις 5 το πρωί, ο Σεφήκ πασὰς επέστρεψε στο ελληνικό Γεν. Στρατηγείο και ανακοίνωσε ότι ο Ταξίν πασάς δεχόταν όλους τους όρους, αλλά ζητούσε μόνο να κρατήσει 5.000 όπλα για την εκγύμναση τών νεοσυλλέκτων. Η αίτηση αυτή απορρίφθηκε απο τον αρχιστράτηγο Κωνσταντίνο και δόθηκε δίωρη προθεσμία στον Τούρκο πληρεξούσιο για να μεταφέρει την οριστική απάντηση του αρχιστρατήγου του. Επειδή η προθεσμία πέρασε άπρακτη, δόθηκε εντολή στον ελληνικό στρατό να προελάσει πρός τη Θεσσαλονίκη.
Στίς 11 το πρωί τα προπορευόμενα τμήματα της 7ης μεραρχίας πέρασαν το Γαλλικὸ ποταμό, το τρίτο και τελευταίο, μετά το Λουδία και τον Αξιό, υδάτινο εμπόδιο πρός τη Θεσσαλονίκη. Στο μεταξύ, οι προπομποί της ταξιαρχίας ιππικού συνάντησαν στο δρόμο τους φάλαγγα απο ένα σύνταγμα σερβικού ιππικού και μία βουλγαρική ίλη, οι επικεφαλής τών οποίων ανήγγειλαν ότι σε απόσταση τριών ωρών περίπου απο το σημείο εκείνο βρισκόταν μία βουλγαρική ταξιαρχία και μία μεραρχία που κατευθυνόταν πρός τη Θεσσαλονίκη.
Διαβάστε Επίσης: Ο Πρώτος Βαλκανικός Πόλεμος: Η ιστορική ευκαιρία βρήκε έτοιμη την Ελλάδα.
Την ίδια ώρα περίπου μέσα στη Θεσσαλονίκη, μετά απο πολύωρη σύσκεψη με τους πρόξενους τών Μεγάλων Δυνάμεων, ο Ταξὶν πασάς πείστηκε να εγκαταλείψει την αξίωσή του για τη διατήρηση τών 5.000 όπλων και απέστειλε με έφιππους αξιωματικούς την έγγραφη απάντησή του, με την οποία γίνονταν δεκτοί όλοι οι όροι του Έλληνα αρχιστράτηγου. Η απάντηση αυτή έφτασε στο Γενικό Στρατηγείο στίς 2 το μεσημέρι. Αμέσως δόθηκαν διαταγές στην 7η μεραρχία και σε δύο τάγματα ευζώνων (το «ανατολικό» απόσπασμα ευζώνων) να προχωρήσουν γρήγορα και να καταλάβουν τη Θεσσαλονίκη, ενώ συγχρόνως στάλθηκε μήνυμα του αρχιστράτηγου πρός το διοικητή της βουλγαρικής μεραρχίας, που του γνωστοποιούσε την επικείμενη κατάληψη της Θεσσαλονίκης και εξέφραζε τη γνώμη ότι η βουλγαρικὴ φάλαγγα θὰ μπορούσε να απαλλαγεί απο τον κόπο της πορείας πρός τη Θεσσαλονίκη και να στραφεί πρός κατεύθυνση όπου η παρουσία της θα ήταν πιο χρήσιμη για τις πολεμικές επιχειρήσεις.
Κατά τις 11 το βράδυ τής ίδιας μέρας μέσα στη Θεσσαλονίκη δύο αξιωματικοί του ελληνικού Γενικού Στρατηγείου (Β. Δούσμανης και Ι. Μεταξάς) συνυπέγραψαν με τον Ταξὶν πασὰ το πρωτόκολλο παραδόσεως, σύμφωνα με τους όρους που είχαν συμφωνηθεί. Το πρωί της επομένης (27 Οκτωβρίου) υπογράφηκε συμπληρωματικό πρωτόκολλο, σύμφωνα με το οποίο παραδίνονταν ως αιχμάλωτοι 25.000 Τούρκοι στρατιώτες, μαζὶ με 1.000 περίπου αξιωματικούς. Επίσης περιέρχονταν στήν κατοχή του ελληνικού στρατού 70 πυροβόλα, 30 πολυβόλα, 70.000 τουφέκια, 1.200 άλλα όπλα, πυρομαχικὰ και βοηθητικὸ υλικό.
Ετσι τὸ απόσπασμα ευζώνων, σύμφωνα μὲ τοὺς όρους του πρωτοκόλλου, συνοδευόμενο απὸ τμήμα ιππικού, μπήκε τὸ ίδιο εκείνο πρωὶ στὴ Θεσσαλονίκη καὶ κατέλαβε τὸ Διοικητήριο. Ἡ 7η μεραρχία στρατού στρατοπέδευσε στὶς δυτικὲς παρυφὲς της πόλεως, ενώ οι άλλες μεραρχίες στάθμευσαν κυκλικὰ γύρω απὸ τὴ Θεσσαλονίκη.
Στο μεταξύ, είχε φτάσει απο την κατεύθυνση των Σερρών και η βουλγαρική φάλαγγα. Σύμφωνα με διαταγή, που εκδόθηκε τις πρώτες πρωινές ώρες της 28ης Οκτωβρίου, η 7η μεραρχία κινήθηκε πρός τα βόρεια και παρεμβλήθηκε μεταξύ Βουλγάρων και Θεσσαλονίκης. Στίς 11 το πρωί ο αρχιστράτηγος Κωνσταντίνος με όλο το επιτελείο του και την 1η μεραρχία μπήκε στη Θεσσαλονίκη, όπου το μεσημέρι, στην εκκλησία του Αγίου Μηνά, έγινε δοξολογία για την απελευθέρωση τής πόλεως.
Διαβάστε Επίσης: Μάχη του Σαρανταπόρου: Η πρώτη νικηφόρα μάχη του Α΄Βαλκανικού Πολέμου που άνοιξε το δρόμο για την απελευθέρωση της Μακεδονίας.
Στη δοξολογία ήταν και ο υπουργός της Δικαιοσύνης Κ. Ρακτιβάν, που είχε φτάσει ατμοπλοϊκώς στη Θεσσαλονίκη την προηγούμενη ως αντιπρόσωπος της κυβερνήσεως. (Δύο μέρες αργότερα ο Ρακτιβάν διορίστηκε πρώτος γενικός διοικητὴς Μακεδονίας). Αρκετά προβλήματα δημιούργησε η απαίτηση του Βούλγαρου μέραρχου στρατηγού Τεοντόρωφ να στρατοπεδεύσει και αυτός μέσα στη Θεσσαλονίκη. Μετά απο διαπραγματεύσεις συμφωνήθηκε να μπούν στη Θεσσαλονίκη μόνο δύο βουλγαρικά τάγματα, στα οποία υπηρετούσαν οι πρίγκιπες Βόρις και Κύριλλος, για ανάπαυση. Η δύναμη αυτή όμως τελικά, και παρά τις συμφωνίες, ανήλθε σε ένα βουλγαρικό σύνταγμα.
Στίς 29 Οκτωβρίου έφτασε στη Θεσσαλονίκη και ο βασιλιάς Γεώργιος Α΄ και εγκαταστάθηκε στο σπίτι του Χατζηλαζάρου που είχε κατάλληλα διαρρυθμιστεί για την περίπτωση αυτή. Πρίν απο την είσοδο του ελληνικού στρατού στη Θεσσαλονίκη, η Χαλκιδική και σημαντικά τμήματα των σημερινών νομών Σερρών και Καβάλας είχαν ήδη ελευθερωθεί. Στη Χαλκιδική είχαν αποβιβαστεί στις 5 Οκτωβρίου ορισμένα σώματα προσκόπων (εθελοντών). Τα σώματα αυτά εξουδετέρωσαν τη μία μετά την αλλη όλες τις μικρές τουρκικές φρουρές της περιοχής και επέκτειναν τη ζώνη δράσεώς τους πρὸς τα βόρεια και τα ανατολικά, με αποτέλεσμα στις 24 Οκτωβρίου να απελευθερώσουν τη Νιγρίτα και στις 27 Οκτωβρίου την Ελευθερούπολη. Την ίδια μέρα ήρθαν σε επαφή με τα ελληνικὰ στρατιωτικά τμήματα στις ανατολικές παρυφές της Θεσσαλονίκης.
Ώς τις 10 Νοεμβρίου η ελληνική ζώνη κατοχής είχε επεκταθεί πρός τα βόρεια ως τη λίμνη της Δοϊράνης και τη Γευγελή, όπου σταματούσε η σερβική ζώνη, και πρός τα ανατολικά ώς το Στρυμόνα, όπου σταματούσε η βουλγαρική ζώνη. Η ελληνική ζώνη υπερέβαινε το Στρυμόνα σε δύο σημεία: στίς Σέρρες, όπου στις 31 Οκτωβρίου είχε εγκατασταθεί τμήμα τής ταξιαρχίας ιππικού απο κοινού με τους Βούλγαρους, και στὴν περιοχή Ελευθερουπόλεως την οποία, όπως προαναφέρθηκε, είχαν καταλάβει τα σώματα προσκόπων.
Εν τω μεταξύ οι Βούλγαροι, που είχαν προσεγγίσει την πόλη, πίεσαν το Χασάν Ταχσίν Πασά να υπογράψει παρόμοιο πρωτόκολλο και με αυτούς. Η πρότασή τους, εντούτοις, δεν έγινε δεκτή με τη χαρακτηριστική απάντηση του Οθωμανού στρατηγού: «Έχω μόνο μία Θεσσαλονίκη, την οποία έχω ήδη παραδώσει». Παρά τούτο οι βουλγαρικές διεκδικήσεις δεν έπαυσαν έως και το Β’ Βαλκανικό Πόλεμο, οπότε το νικηφόρο αποτέλεσμά του, για την ελληνική πλευρά, επέφερε οριστική λύση στο θέμα.
Ένας ακόμη παράγοντας που προσπάθησε να επηρεάσει το εδαφικό καθεστώς της Θεσσαλονίκης, ήταν η Αυστροουγγρική Αυτοκρατορία, που με τη συμπαράσταση της Γερμανίας επεδίωξε, ανεπιτυχώς, διεθνοποίηση της πόλης. Ακόμη μερίδα της Ιουδαϊκής κοινότητας προώθησε στο εξωτερικό πρόταση για αυτόνομο καθεστώς υπό ισραηλιτική διοίκηση.
Στις 29 Οκτωβρίου ο Βασιλιάς Γεώργιος Α΄ εισήλθε στην πόλη επικεφαλής τμημάτων στρατού και στις 30 Οκτωβρίου τελέστηκε από το Μητροπολίτη Θεσσαλονίκης Γεννάδιο δοξολογία στον τότε Καθεδρικό Ναό του Αγίου Μηνά «επί τη απελευθερώσει της πόλεως» μετά από 482 χρόνια συνεχούς Οθωμανικής κατοχής.
Διαβάστε Επίσης: Μάχη των Γιαννιτσών: Το τελευταίο εμπόδιο του Ελληνικού Στρατού πρίν την απελευθέρωση της Θεσσαλονίκης.